La base conceptual y metodológica del SIMOPREDH fue recogida principalmente de los lineamientos, directrices y propuestas desarrolladas por la Oficina del Alto Comisionado de Naciones Unidas para los Derechos Humanos, la Comisión Interamericana de Derechos Humanos y el Instituto Interamericano de Derechos Humanos.

Los indicadores contenidos en el SIMOPREDH fueron seleccionados en relación a aquellos derechos contenidos en la Declaración Universal de Derechos Humanos y los derechos fundamentales señalados en la Constitución Política del Estado, respecto a los cuales se decidió establecer el nivel de cumplimiento de obligaciones por parte del Estado (respeto, protección realización), posteriormente, se continuo con la determinación del contenido de cada uno de los derechos priorizados a partir de precisar sus “atributos”, los cuales están señalados en diversos instrumentos del Derecho Internacional de los Derechos Humanos (DIDH), y por último se procedió a la identificación de los indicadores apropiados para vigilar la implementación del derecho y sus fuentes.

Los indicadores que toma en cuenta el sistema son de tres tipos:

1. Indicadores estructurales que reflejan la adopción y ratificación de instrumentos internacionales y la existencia de mecanismos institucionales para su realización. Estos indicadores capturan el compromiso o aceptación de los estándares de derechos humanos por parte del Estado mediante su recepción en el sistema legal interno y la concordancia de las normas internas con estos estándares.
2. Indicadores de proceso relacionan los instrumentos de la política pública cuyos resultados puedan estar conectados directamente con la realización de los derechos. Incluyen todas aquellas medidas que incluyen programas públicos e intervenciones específicas para alcanzar resultados identificados con la realización de un derecho humano dado y el gasto público invertido en este fin. También contemplan la respuesta de los mecanismos de protección nacional e internacionales que buscan la restitución de derechos en caso de violaciones.
   Estos indicadores permiten medir los esfuerzos que se han hecho en el país y no únicamente los resultados.
3. Indicadores de resultado procuran medir el impacto concreto de las intervenciones del Estado sobre la realización y disfrute de los derechos, es decir en qué medida la realidad se acerca a las obligaciones contraídas por el Estado.